BIO NMR Servicios

Verificación de hallazgos del cribado y definición de ubicaciones de unión

BIO NMR es el estándar de oro para distinguir los comportamientos de unión. Se utiliza una versión de la proteína marcada con 15N para que en el espectro de RMN solo se observe la proteína. Las condiciones de solución pueden cambiarse en tiempo real y pueden hacerse adiciones mientras se monitorea el estado de cada residuo.

Tras la adición de un posible ligando, la respuesta de la proteína revela si la molécula se une, si la interacción es limpia o si la proteína se desenrolla o se agrega. Según los residuos que responden, la ubicación de unión puede identificarse mediante footprinting.

Para ligandos verdaderos, el footprint puede respaldar de inmediato el modelado del ligando acoplado y ayudar a guiar estrategias de optimización química. Igualmente importante, la ausencia de respuesta de BIO NMR indica de forma fiable que no hay unión.

• Esencial para la validación de hallazgos después de campañas de cribado
• Admite objetivos difíciles como las interacciones proteína-proteína
• Requisito aproximado de proteína: 1–3 mg
• Requisito aproximado de compuesto: alrededor de 0.2 mg
• La marcación con 15N puede lograrse en sistemas de E. coli, levadura o mamíferos cuando sea necesario

Cribado por RMN de bibliotecas de fragmentos para obtener compuestos líderes y ligandos de degradadores de proteínas dirigidos (TPD)

BIO NMR puede usarse no solo para examinar moléculas ya identificadas como hallazgos por otros métodos, sino también como método principal de detección en un cribado. Los posibles ligandos pueden añadirse como mezclas para aumentar el rendimiento, y luego las mezclas positivas pueden deconvolucionarse para identificar el hallazgo verdadero.

Debido a que BIO NMR es altamente sensible, puede detectar de forma fiable la unión débil y, por lo tanto, es especialmente adecuado para el cribado de fragmentos. Aunque a primera vista puede parecer de menor rendimiento, la eficiencia combinada de detección y validación lo hace altamente competitivo desde el cribado hasta el compuesto líder auténtico.

Dado que los patrones de desplazamiento químico son únicos para cada proteína, se pueden analizar varias proteínas juntas y la respuesta puede identificar a cuál proteína se une el hallazgo. Esto puede mejorar drásticamente el rendimiento o evaluar la selectividad.

Elucidación de estructuras completas estructuras detalladas

BIO NMR puede proporcionar estructuras 3D de proteínas, complejos proteína-ligando, oligonucleótidos, péptidos, macrociclos y TPDs. Aunque muchas proteínas y oligonucleótidos pueden estudiarse mediante cristalografía de rayos X o microscopía electrónica criogénica, algunos no son adecuados para esos enfoques.

Debido a que BIO NMR se realiza en solución, también puede ayudar a resolver preocupaciones sobre los efectos del empaquetamiento cristalino. En muchos casos, puede ofrecer información de resolución media más rápidamente que otras técnicas estructurales.

Las macromoléculas de tamaño medio, como péptidos, macrociclos y TPDs, a menudo no cristalizan bien, pero pueden estudiarse eficazmente mediante BIO NMR. Las estructuras detalladas de estos estudios pueden guiar el diseño de análogos más potentes, estables y biodisponibles.

Aplicación de métodos avanzados de RMN a moléculas pequeñas

Las sofisticadas técnicas de RMN utilizadas para macromoléculas también pueden aplicarse a moléculas más pequeñas para responder preguntas exigentes de estructura y estereoquímica. Los enfoques de BIO NMR pueden proporcionar una verificación rigurosa de la estructura primaria y una mayor confianza analítica en programas moleculares complejos.